蘇軾此時卻不敢出來，於是和與通判商量，通判說道：“事已至此，無可奈何，需出見之。”蘇軾一聽，就準備出去。祖無頗連忙提示道：“衣服，衣服。”意思是要他換官服。蘇軾卻說道：“既有罪，不可穿朝服。”祖無頗說道：“未知罪名，應當穿朝服相見”。於是蘇軾穿上官衣官靴，麵見欽差皇甫遵。

  蘇軾首先說道：“蘇軾自來疏於口舌筆墨，著惱朝廷甚多，今日必是賜死。死固不敢辭，乞歸與家人訣別。”皇甫遵淡然道：“不至於此。”命士兵打開公文一看，是份普通公文，不過是以蘇軾以詩文訕謗朝廷，傳喚進京，並要蘇軾立即啟程。

  太守官衙的人都嚇得手足無措，個個躲躲藏藏。蘇軾途經揚州江麵和太湖時，想跳水自殺。因不知道要判什麽罪，並且怕他的案子會牽連好多朋友。等再一想，真跳了水，又會給弟弟招致麻煩。家裏燒了他大部分與友人的通信和手稿，家人到了安徽宿縣，禦史台派人搜查他們的行李，找蘇軾的詩，書信和別的文件。

  蘇軾很快被正式提訊，他先報上年齡，世係，籍貫，科舉考中的年月，再敘曆任的官職和有他推薦為官的人。他說，自為官始，他有兩次記過記錄。一次是任鳳翔通判時，因與上官不和而未出席秋季官方儀典，被罰紅銅八斤。另一次是在杭州任內，因小吏挪用了官錢，他沒有報呈，被罰紅銅八斤。此外，別無不良記錄。

  蘇軾承認遊杭州附近村莊所作《山村五絕》裏“贏得兒童語音好，一年強半在城中”確實是諷刺青苗法的，“豈是聞韶解忘味，邇來三月食無鹽”也是諷刺鹽法的。除此之外，其餘文字均與時事無關。

  禦史台問他《八月十五日看潮》裏“東海若知明主意，應教斥鹵變桑田”兩句的用意，他說是諷刺朝廷水利之難成。禦史中丞李定向趙頊報告案情進展，說蘇軾麵對彈劾全都承認了。趙頊大怒，懷疑蘇軾要麽是受刑不過，要麽是有更大的秘密要隱藏。於是問李定可曾用刑。李定說蘇軾名高當時，辭能惑眾為避人言，不敢用刑。趙頊命禦史台嚴加審查，一定要查出所有人。

  到了九月，禦史台已從四麵八方抄獲了蘇軾寄贈他人的大量詩詞。有一百多首在審問時呈閱，有三十九人受到牽連，其中官位較高的是司馬光。王安石罷相次年，蘇軾寄贈司馬光一首《獨樂園》：“先生獨何事，四方望陶冶，兒童誦君實，走卒知司馬。撫掌笑先生，年來效喑啞。”為司馬光重登相位大造輿論。

  禦史台說這詩諷刺新法，蘇軾供認不諱：“此詩雲四海蒼生望司馬光執政，陶冶天下，以譏諷見任執政不得其人。又言兒童走卒，皆知其姓字，終當進用。”他又說司馬光卻喑啞不言，想依前上奏攻擊新法。禦史台找到了痛斥“新進”的《和韻答黃庭堅二首》，抨擊“生事”的《湯村開運河，雨中督役》詩。前者是與黃庭堅唱和的，後者寄贈好友王詵。

  《和韻》詩是：“嘉穀臥風雨，莨莠等我場。陣前漫方丈，玉食慘無光。”蘇軾解釋說，前四句以譏今之小人輕君子，如莨莠之奪嘉穀也，後麵意言君子小人各自有時，如夏月蚊虻縱橫，至秋自息。說黃庭堅如“蟠桃”，進用必遲；自比“苦李”，以無用全生。又取《詩》說：“憂心悄悄，慍於群小。”都是譏諷當今進用之人為小人。蘇軾用“悄悄”、“慍”等詞暗藏“群小”之意。要不是作者解釋，還沒多少人知其中奧妙。

  《湯村》詩：“居官不任事，蕭散羨長卿。胡不歸去來，留滯愧淵明。鹽事星火急，誰能恤農耕？薨薨曉鼓動，萬指羅溝坑。天雨助官政，泫然淋衣纓。人如鴨與豬，投泥相濺驚。下馬荒堤上，四顧但湖泓。線路不容足，又與牛羊爭。歸田雖賤辱，豈失泥中行？寄語故山友，慎毋厭藜羹。”蘇軾也供認自己確有對鹽官在湯村一帶開運鹽河的不滿。

  這些贈黃庭堅、王詵等人的詩文，一時成為轟動朝野的新聞，舒亶等人趁機痛打落水狗，請求副相王珪檢舉蘇軾的《王複秀才所居雙檜》詩。這首詩是：“凜然相對敢相欺，直幹淩空未要奇。根到九泉無曲處，世間惟有蟄龍知。”王珪認為：“陛下飛龍在天，軾以為不知己，而求之地下之蟄龍，非不臣而何？”趙頊冷靜地答道：“詩人之詞，怎可如此論？彼自詠檜，何預朕事？”

  蘇軾任密州太守期間作的《後杞菊賦》的序言裏，曾提到吃杞菊的苦種籽。禦史認為他是在直接諷刺百姓的貧窮，尤指朝廷對官吏薪俸的微薄。“生而盲者不識日”是諷刺科舉考生的淺陋無知，諷刺考生不通儒學，隻知道王安石在《三經新義》裏對經書的注釋。蘇軾對大部分指控，都坦白承認在詩中批評了新政。

  蘇軾也提到“虎難摩”是為政貪婪的象征。給李常的詩裏，他說在密州“灑涕循城拾棄孩”，見到男屍、女屍、嬰屍餓死在路邊，當時確是“為郡鮮歡”。在給孫覺的詩裏，有一行說二人相約不談政治，是真在一次宴席上的約定，誰談政治就罰酒一杯。給曾鞏的詩裏說他厭惡那些“聒耳如蜩蟬”的小政客。給張方平的詩裏把朝廷比作“荒林蜩蚻亂”，又說自己“遂欲掩兩耳”。給範鎮的詩裏，他直言“小人”，給周邠的詩裏把當權者暗比作“夜梟”。

  好友劉恕罷官出京時，蘇軾寫了兩首詩給他：“敢向清時怨不容，直嗟吾道與君東，坐談足使淮南懼，歸向方知冀北空，獨鶴不須驚夜旦，群鳥未可辨雌雄。”和“仁義大捷徑，詩書一旅亭。相誇綬若若，猶誦麥青青。腐鼠何老嚇，高鴻本自冥。顛狂不用喚，酒盡漸須醒。”

  前一首最後一句取自詩經“俱曰予聖，誰識烏之雌雄”，意思是說朝廷上隻有一群烏鴉，好壞難辨。後一首表達自己對小人的爭權爭位不屑一顧。這些無疑激怒了朝廷的大臣。

  蘇軾寫《獄中寄子由》說“夢繞雲山心似鹿，魂飛湯火命如雞”，無比淒慘。審訊者常對他通宵審問。巨大精神壓力下，蘇軾寫下了“與君世世為兄弟，再結來生未了因”的悲慘詩句。

  蘇軾下獄後未卜生死，一日數驚。在等待最後判決的時候，其子蘇邁每天去監獄給他送飯。由於父子不能見麵，所以暗中約好了：平時隻送蔬菜和肉食，如果有死刑判決的壞消息，就改送魚，以便早做準備。一日，蘇邁因銀錢用盡，需出京去借，便將為蘇軾送飯一事委托遠親代勞，卻忘記告訴遠親暗中約定之事。偏巧那個遠親那天送飯時，給蘇軾送去了一條熏魚。蘇軾一見大驚，以為自己凶多吉少，便以極度悲傷之心，為蘇轍寫下訣別詩兩首。

  當時很多人為蘇軾求情，宰相吳充直言道：“陛下以堯舜為法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，猶能容禰衡，陛下不能容一蘇軾何也？”已罷相退居金陵的王安石上書說道：“安有聖世而殺才士乎？”

  王安禮也從旁入諫道：“自古以來，寬仁大度的主子，不以言語加罪人。蘇軾具有文才，自以為爵祿可以站著不動，都能到來。現在他碌碌如此，不無怨望，所以托為諷詠，寫了一些牢騷話。一旦被加罪，恐怕後世會說陛下不能容才！”趙頊說道：“朕也不想深究，但他已經激起眾怒。恐怕你為蘇軾辯護，別人會想害你。你不要多言，朕自有主張。”

  太皇太後曹氏得知，也對趙頊道：“蘇軾兄弟，初入製科的時候，仁宗皇帝曾經欣慰地說道，我替子孫得了兩個宰相。現在我聽說蘇軾已被逮捕下獄，難道是被仇人中傷嗎？且文人詠詩，本是常情，如果羅織成罪，也不是人君應有的慎獄憐才做法，應熟祥察為是。”趙頊聽了，總算唯唯受教。

  屬於蘇軾口中的新進章惇，也積極地營救蘇軾，並不惜與宰相王珪翻臉。 趙頊最終下令對蘇軾從輕發落，蘇軾終免一死，被貶謫為檢校尚書水部員外郎、黃州團練副使。

  因蘇軾受到牽連的人中，三個人的處罰較重。駙馬王詵因泄露機密給蘇軾，又時常與他交往。調查時，他不及時交出蘇軾的詩文，且因對待公主不禮貌，寵妾壓妻，於是被削除一切官爵。其次是王鞏被禦史附帶處置，發配西北。第三個是蘇轍，他曾奏請朝廷赦免兄長，自己願意納還一切官位為兄長贖罪。由於家庭連帶關係，遭受降職處分，調到高安，任筠州酒監。

  張方平與其他大官都罰紅銅三十斤，司馬光和範鎮及蘇軾的十八個別的朋友，各罰紅銅二十斤。那些平時與蘇軾互相詩文唱和，引為知己的保守派大臣們，在蘇軾入獄時，沒有一個給他求情。反而是那些被蘇軾稱之為“奸邪”、“小人”、“新進”的那些變法派大臣，紛紛上書為蘇軾求情。